Moin,
erstmal ein Lob für deine Vorgehensweise und die genaue Beschreibung. Nach Falschluft schauen bei der KE ist nie verkehrt 
Hast du bzgl. Falschluft auch an die KGE gedacht bzw. diese für eine Testfahrt mal probeweise verschlossen?
Neue Lambdasonde regelt: Sind die Spannungssignale mal mit Multimeter, oder besser Oszilloskop geprüft worden?
Hast du den Fehlerspeicher mal ausgeblinkt? Ist der Fehler schon immer in deinem Besitz gewesen oder kam er plötzlich?
Weitergehend prüfen kann man die Steuerzeiten und im Anschluss den Zündzeitpunkt. Liegt der Zahnriemen etwas daneben, kann es die wildesten Fehler geben. Zur Vorgehensweise am besten den originalen Reparaturleitfaden für die Einspritzung als PDF bei "Audi Erwin" herunterladen.
Gut möglich ist auch, dass dein Drucksteller oder eines der beiden Motorsteuergeräte einen Defekt haben. Den Drucksteller kann man mit einem Manometer und Messung des Differenzbenzindrucks prüfen, auch im Detail im genannten Reparaturleitfaden beschrieben.
Klopfsensor und Stauscheibenpotentiometer sind auch verdächtige Kandidaten.
Für einen schnelle Eingrenzung kann es u. U. hilfreich sein, bei Auftreten des Problems die Stecker der entsprechenden Bauteile (Lambdasonde, Klopfsensor, Stauscheibenpotentiometer, Drucksteller) abzustecken. Verändert sich der Fehler oder verschwindet er ganz, kann man das ganze ggf. näher eingrenzen.
Ich persönlich glaube es sind ggf. mehrere Fehler, die sich überlagern.