Defektes Chinchkabel ?

Also bei dem Teil mit dem Klinkeverteiler bin ich mir nicht ganz sicher, wie das gemeint ist.
Klinke auf Cinch Kabel, direkt also Handy dran, hat keine Probleme gemacht, das klingt schonmal gut. (Da es zu leise war, schonmal probiert den Gain Regler dann hoch zu drehen?).

Beim Radio sollte der Gain wohl nicht auf max. stehen oder?

Es kann durchaus sein, dass du z.B. beim Verlegen des Cinchkabels irgendwo an eine scharfe Kante gekommen bist oder es ist mit der Zeit durchgescheuert und die Isolierung ist weg.
Wenn es dann Kontakt bekommt zur Masse oder den anderen Pol kann es durchaus passieren, dass viel zu starke Signale ankommen.

Was passiert, wenn du den Gain Regler ganz herunter drehst (falls er immer weit aufgedreht ist)? Wird das Rauschen leiser?

Wenn es mit Gain runter nun leiser wird was die Störgeräusche angeht, dann liegt es schon eher am Eingang und somit vllt am Cinch-Kabel.

Bewegt sich der Subwoofer? Wenn man natürlich zu weit runterdreht dann wird der zu leise, gerade wenn die Endstufe wenig Leistung hat.
Hast du vielleicht noch den Tiefpassfilter verstellt oder ggf. den Hochpassfilter und damit den Bass rausgefiltert?
Einstellungen am Radio passen noch? Nicht dass man dort umschalten kann zwischen Cinchausgang als hintere Lautsprecher und Subwoofer und es steht nun auf Lautsprecher (könnte sich umgestellt haben beim Ausbau - Werksteinstellung).

Dreh mal Tiefpass auf die höchste Frequenz, dann lässt er das meiste durch.
Je nach Endstufe macht der Hochpass beim Subwoofer eine Art Subsonic Schaltung (da gibt es aber oft einen Schiebeschalter zusätzlich mit FULL-TPF-HPF), d.h. er grenzt dann nach unten hin ab bei tieferen Frequenzen (sonst arbeitet der in Regionen bei 1000er Hertz-Werten), wenn man bei manchen Voll aufdreht gehen die oft bis 60Hz rum, teils aber auch bis 100Hz, so kann man ziemlich den ganzen Bass killen

Was es wohl einfacher macht bezüglich den Einstellungen, schreib einfach mal welches Radio und welche Endstufe genau. Zum Radio sollte man dann eine Bedienungsanleitung finden, direkter Link dazu wär natürlich nicht verkehrt. Bei der Endstufe könnten schon Bilder reichen an denen man die Regler und Skala erkennen kann.
Dann kann man zunächst mal die Einstellungen als Ursache untersuchen und vllt dann ausschließen.

1. Pfeifen beim Beschleunigen sind Lichtmaschinen-Geräusche, also streut da etwas in der Cinchleitung (Verläuft die neben dem Pluskabel für die Endstufe?), oder der Massepunkt ist schlecht gewählt und die Spannung ist nicht korrekt.
2. Da du sagst ohne Musik hörst du die Motorgeräusche, dann ist das Radio aber noch an, es ist aber nur Stille bei der Musik in dem Fall?

3. Wo hast du das Massekabel der Endstufe dran?

4. Wann knallt der Subwoofer den, direkt wenn das Radio ausgeht oder etwas später? Passiert das auch beim Einschalten? (Da könnte man das besser eingrenzen, ob das Radio es verursacht oder bei der Endstufe etwas hinüber ist, da die einen Tick später schalten müsste).

5. Hast du ein Multimeter? Es wäre auch nicht verkehrt die Spannung zwischen den Klemmen von der Endstufe zwischen Remote und GND zu wissen, ob da auch wirklich 12V anliegen. Wenn die Spannung nämlich irgendwo weiter unten liegt, kann es grad an der Schaltschwelle liegen und den immer wieder ab- und anschalten.

zu den Einstellungen für den Bass:

Auf Seite 21 der Radio Anleitung (in der PDF Datei S.45) steht dass man im Menü umstellen kann zwischen REAR/SUB. Man kann dort auch am Radio den LPF einstellen (sollte derzeit besser bei 80, 100 oder 120Hz stehen). Einfach mal schauen ob der auf SUB steht und eben die LFP FREQ einen der 3 höheren Werte hat.

Zur Endstufe,
http://www.sinuslive.com/produkte/752.htm
die hat 2x75W, ich nehme an du hast den Subwoofer gebrückt angeschlossen, dann bringt sie 150W (nicht viel für einen Subwoofer, könnte aber für den Blaupunkt gut reichen).
Stell mal die X-Over auf Low, der Regler Low Pass zwischen 100 und 200, dann lässt das Filter alles unterhalb von 150Hz durch.
Den High-Pass würde ich nur zur Sicherheit mal auf 50Hz drehen, dann (sofern es aktiv sein sollte in dem Modus - ich würde zwar sagen nein) lasst die Endstufe alles über 50Hz durch.
In dem Bereich 50 bis 150Hz muss der Subwoofer arbeiten können.